Klávesové oddělení nabízí i výuku hry na varhany. Tento nástroj se uplatňuje jednak jako nástroj sólový, tak i doprovodný ke všem ostatním hudebním nástrojům a zpěvu
.Má nezbytné místo i v komorní hře. Výuka hry na varhany je první tři roky shodná s výukou hry na klavír. Zde žák získává základní znalosti a dovednosti ve hře na klávesový nástroj. S výukou na varhany se začíná od čtvrtého ročníku, jakmile žák dosáhne fyzické dospělosti ( délka nohou i rukou ). Výuka probíhá nejdříve klavírní přípravou a následně na kostelních varhanech pod vedením kvalifikovaného pedagoga.
Cílem výuky je rozvíjení osobnosti žáka jako sólového hráče, korepetotira a improvizátora. Žák své dovednosti předvede na besídkách a koncertech.
